Cytogenetika EHE poskytla jedny z prvních vodítek pro základní genetickou změnu. Balancovanou, reciproční translokaci t(1;3)(p36.3;q25) v nádorových buňkách EHE poprvé popsali Mendlick a spol. v roce 2001 (Mendlick MR, Nelson M, Pickering D, Johansson SL, Seemayer TA, Neff JR, Vergara G, Rosenthal H, Bridge JA (2001). „Translokace t(1;3)(p36.3;q25) je nerandomní aberací u epiteloidního hemangioendoteliomu“. Am. J. Surg. Pathol. 25 (5): 684-7. doi:10.1097/00000478-200105000-00019. PMID 11342784. CS1 maint: multiple names: authors list (link)). To vedlo k přelomovému článku Tanase et al. v roce 2011(Tanas MR, Sboner A, Oliveira AM, Erickson-Johnson MR, Hespelt J, Hanwright PJ, Flanagan J, Luo Y, Fenwick K, Natrajan R, Mitsopoulos C, Zvelebil M, Hoch BL, Weiss SW, Debiec-Rychter M, Sciot R, West RB, Lazar AJ, Ashworth A, Reis-Filho JS, Lord CJ, Gerstein MB, Rubin MA, Rubin BP (2011). „Identifikace genové fúze definující onemocnění u epiteloidního hemangioendoteliomu“. Sci Transl Med. 3 (98): 98ra82. doi:10.1126/scitranslmed.3002409. PMID 21885404. CS1 maint: multiple names: authors list (link)) popisující specifické geny zapojené do translokace spojené s nejčastějšími formami EHE. Tato změna má za následek fúzi genů kódujících dva transkripční koaktivátory (transkripční regulátory): TAZ (transcriptional co-activator with PDZ-binding motif), známý také jako WWTR1 (WW domain-containing transcription regulator protein 1) a CAMTA1 (calmodulin-binding transcription activator 1). Názvy v závorkách nejsou pro náhodné (nebo dokonce vědecké) čtenáře důležité, ale jsou uvedeny proto, aby je bylo možné odlišit od jiných genů. Například jiný gen se zcela odlišnou funkcí, Tafazzin, s EHE nesouvisí, ale matoucím způsobem se označuje také jako TAZ. V každém případě má translokace EHE za následek abnormální „fúzní gen“, který exprimuje abnormální mRNA, což vede k syntéze fúzní varianty proteinu TAZ, která je vždy zapnutá. Tato forma TAZ se vždy nachází v jádře, a proto je konstitutivně aktivní. Váže a zapíná velmi důležitého člena rodiny transkripčních faktorů TEAD, což způsobuje proliferaci buněk. Právě tato produkce transkriptomu TAZ-TEAD způsobuje, že postižené endotelové buňky rostou v nádory. V normálních buňkách je TAZ považován za hlavní negativní přenašeč Hippovy dráhy, signálního systému, který reguluje velikost orgánů tím, že způsobuje zastavení růstu buněk, když se vzájemně dotýkají (inhibice kontaktu). Mnoho vstupních signálů reguluje signál Hippo, který normálně funguje tak, že vypíná nebo deaktivuje TAZ tím, že ho udržuje v cytoplazmě a mimo jádro. V buňkách EHE je abnormální fúzní TAZ vůči tomuto vstupu „imunní“ a prostě zůstává v jádře a nadále stimuluje růst buněk.
Všimněte si, že asi 10 % pacientů s EHE v sobě skrývá jinou translokaci. Ta podobně vede ke konstitutivní aktivaci YAP, ortologu TAZ (tj. genu, který má sekvenci a funkci velmi podobnou TAZ). To má rovněž za následek trvalý, neregulovaný růst postižených buněk, a proto způsobuje nádory typu EHE.
.