Interakce mezi domorodci na Filipínách a malajským královstvím Srivijaya (stejně jako javánskými královstvími Majapahit a Medang) jsou zaznamenány na měděném nápisu Laguna, který pochází přibližně z roku 900 n. l. Tato ocelová deska byla napsána směsí staré tagalštiny, staré malajštiny a javánštiny. Mezi Malajci se klasická filipínská království stýkala také s dalšími původními národy Indonésie, včetně Minangkabau a Javánců.
Prvním zaznamenaným Malajcem ve filipínských dějinách byl Sri Lumay, ačkoli zprávy o něm jsou většinou ve visajanském folklóru. Sri Lumay se narodil na Sumatře, ostrově v Indonésii s vysokým podílem malajského obyvatelstva, a byl smíšeného malajského a tamilského původu. Usadil se někde na území dnešního Visayasu. Sri Lumay založil rádžanát Cebu. Jeho synové vládli také okolním oblastem a královstvím.
Název „Visayas“ pochází z názvu „Srivijaya“, jména výše zmíněného starověkého malajského království téhož jména, které se soustředilo na Sumatře a Malajském poloostrově.
Je známo, že po islamizaci jižních Filipín se Sri Lumay bránil islámské expanzi a vůči nájezdníkům z kmene Moro zavedl politiku spálené země.
V 16. století byla islamizace Alam Melayu (doslova „malajské říše“) téměř dokončena a její vliv se přelil i na Filipíny. Šaríf Kabungsuwan, rodák z Johore, se přestěhoval na Mindanao, kde hlásal islám domorodcům ve vnitrozemí – a založil sultanát Maguindanao. Jeho potomci kladli Mindanau urputný odpor proti španělské okupaci, jeden z jeho potomků, Muhammad Dipaduan Kudarat, je na Filipínách znám jako národní hrdina.
Konec 15. století až do roku 1521 je naplněn kazateli islámu, zejména Malajci, spolu s Araby, čínskými muslimy a indickými muslimy šířícími islám na jihu Filipín. Za vlády brunejského sultána Bolkiáše zaútočila brunejská vojska na království Tondo a založila království Selurong neboli Seludong, kde se nachází dnešní Manila. Jednalo se o brunejský satelitní stát, který se dostal pod vládu rádži Sulajmána, rodilého muslima z oblasti Manily.
Rádža Sulajmán pocházel z dlouhé linie vládců, kteří byli smíšeného tagalského a malajského původu. Například jeho dědeček Salila byl potomkem rodu Bolkiahů z Bruneje.
V roce 1521 dorazil Ferdinand Magellan na Visayas, kde se setkal s rádžou Humabonem, jedním z potomků Sri Lumaye. Humabon přijal římské katolictví a naléhal na svého rivala Lapu-Lapu, aby vpustil Evropany. Magellan využil ke konverzaci s domorodci svého malajského sluhu Enriqueho z Malakky. Magellan i Enrique zahynuli v bitvě u Mactanu.
Panmalajské hnutíEdit
Po 300 let španělské kolonizace se asimilací ztratila jakákoli malajská identita, a to i na muslimském jihu, kde byla arabština oblíbenějším a propagovanějším jazykem než malajština. José Rizal, zapálený panmalajský nacionalista, stál v čele hnutí za „znovusjednocení“ původních obyvatel souostroví s jeho jižními sousedy v zemích, z nichž se dnes staly Malajsie, Indonésie, Brunej, Singapur a Thajsko.
Tento typ „malajského“ hnutí se výrazně lišil od toho, které probíhalo v britské Malajsii a Nizozemské východní Indii. Zatímco tato hnutí byla zaměřena na osamělou etnickou skupinu pocházející ze Sumatry a Malajského poloostrova, Rizal si představoval větší celoaustralský národ, který se později začal označovat jako malajská rasa. Rizalovo hnutí bylo známé jako „Indios Bravos“ („Stateční Indiáni“). Rizal se skutečně pokoušel naučit malajsky, ale v roce 1896 byl popraven, a proto nikdy nedostal příležitost malajský jazyk na Filipínách plně oživit.
Dalším známým panmalajským nacionalistou byl Wenceslao Vinzons, filipínský politik a partyzánský vůdce za druhé světové války. Na Filipínské univerzitě založil organizaci Perhimpoenan Orang Melayu („Panmalajská aliance“).
Z tohoto důvodu se definice „Malajců“ na Filipínách liší od definic jejich jižních sousedů, a proto je obtížné získat přesný odhad, kdo obsahuje původ ze skutečné etnické skupiny. Pokud jde o „malajskou rasu“, ta by na Filipínách zahrnovala přibližně 90 000 000 původních obyvatel.
.