El género de helechos Athyrium representa uno de los linajes más diversificados de las Athyriaceae con unas 160-220 especies conocidas, y es notorio por su dificultad taxonómica. A pesar de los avances en los estudios filogenéticos recientes sobre este género, todavía carece de una actualización sistemática y taxonómica moderna que utilice análisis integradores de evidencias moleculares y morfológicas basados en un amplio muestreo de especies. Aquí presentamos, hasta donde sabemos, el análisis filogenético más completo del género hasta la fecha, basado en un enfoque de evidencia total, que abarca todos los segregados anteriormente aceptados dentro de los helechos athyrioides. Hemos muestreado hasta ocho marcadores de plástidos y 20 caracteres morfológicos para cada especie. Nuestros análisis, que incluyen la máxima parsimonia, la máxima verosimilitud y la inferencia bayesiana, dan lugar a un marco filogenético robusto. Encontramos que Athyrium no es monofilético recuperando Athyrium skinneri y A. alpestre anidados con Anisocampium y Cornopteris respectivamente mientras que Pseudocystopteris se incluye en Athyrium. Además, en la topología filogenética se encuentran ocho clados bien resueltos y dos especies aisladas dentro de Athyrium, que también pueden caracterizarse por sinapomorfías morfológicas a partir de rasgos de pecíolos, hojas, soros y esporas. En aras de reconocer taxones monofiléticos con sinapomorfías morfológicas, estamos de acuerdo con la inclusión de Pseudocystopteris en Athyrium como se ha propuesto en estudios anteriores, pero tratamos Anisocampium y Cornopteris como géneros separados. Además, proponemos resucitar un Pseudathyrium monotípico para acomodar a A. alpestre. Sobre la base de los caracteres morfológicos y la filogenia molecular, se propone un nuevo sistema de clasificación infragenérica de Athyrium que lo subdivide en diez secciones, y una especie del Nuevo Mundo, A. skinneri, se transfiere a Anisocampium.