A propos du projet
Le BCM-HGSC procède au séquençage du génome du mangabey fuligineux (Cercocebus atys). Ce projet est une collaboration avec le Dr Guido Silvestri (Université Emory).
Mangabey fuligineux
Source de l’image : Yerkes NPRC
Le BCM-HGSC a produit un premier assemblage préliminaire de haute qualité du génome du mangabey fuligineux en utilisant la plateforme de séquençage Illumina. En outre, le BCM-HGSC a généré une couverture du génome entier d’environ 7x en utilisant la plateforme Pacific Biosciences RS, et ces longues lectures seront utilisées pour combler les lacunes et améliorer la continuité de l’assemblage initial.
Les mangabeys fuligineux sont un modèle animal important pour la recherche liée au virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et au sida. Les mangabeys fuligineux sont les hôtes naturels d’un virus d’immunodéficience simienne (SIV), et le VIH-2 est dérivé de ce SIV, probablement à la suite d’un transfert inter-espèces du SIV. Les mangabeys ne présentent pas de pathologie clinique ou d’autres effets indésirables de l’infection par leur SIV natif, et donc l’étude de l’interaction hôte-virus dans ce modèle animal est importante pour la compréhension des mécanismes par lesquels les mangabeys sont capables de contrôler l’infection et d’éviter la maladie.
Le BCM-HGSC génère une ébauche d’assemblage de haute qualité pour ce génome en utilisant l’ADN d’un mangabey fuligineux obtenu du Yerkes National Primate Research Center à l’Université Emory. En outre, le BCM-HGSC produira une couverture de séquence du génome entier pour plusieurs autres mangabeys fuligineux non apparentés afin d’identifier la variation génétique au sein de l’espèce.
Accès aux données
Toutes les lectures de séquences sont déposées dans les archives de lectures de séquences du NCBI.