Le genre de fougère dame Athyrium représente l’une des lignées les plus diversifiées des Athyriaceae avec environ 160-220 espèces connues, et est connu pour sa difficulté taxonomique. Malgré les progrès réalisés dans les études phylogénétiques récentes concernant ce genre, il manque toujours une mise à jour systématique et taxonomique moderne utilisant des analyses intégratives de preuves moléculaires et morphologiques basées sur un large échantillonnage d’espèces. Nous présentons ici, à notre connaissance, l’analyse phylogénétique la plus complète du genre à ce jour, basée sur une approche d’évidence totale, couvrant tous les ségrégats précédemment acceptés au sein des fougères athyrioïdes. Nous avons échantillonné jusqu’à huit marqueurs plastides et 20 caractères morphologiques pour chaque espèce. Nos analyses, y compris le maximum de parcimonie, le maximum de vraisemblance et l’inférence bayésienne, produisent un cadre phylogénétique robuste. Nous constatons qu’Athyrium n’est pas monophylétique en retrouvant Athyrium skinneri et A. alpestre imbriqués avec Anisocampium et Cornopteris respectivement tandis que Pseudocystopteris est inclus dans Athyrium. En outre, huit clades bien résolus et deux espèces isolées au sein d’Athyrium sont trouvés dans la topologie phylogénétique, qui peut également être caractérisée par des synapomorphies morphologiques à partir des traits des pétioles, des feuilles, des soris et des spores. Dans l’intérêt de reconnaître les taxons monophylétiques avec des synapomorphies morphologiques, nous sommes d’accord avec l’inclusion de Pseudocystopteris dans Athyrium comme proposé dans des études précédentes, mais nous traitons Anisocampium et Cornopteris comme des genres séparés. Nous proposons en outre de ressusciter un Pseudathyrium monotypique pour accueillir A. alpestre. Sur la base des caractères morphologiques et de la phylogénie moléculaire, un nouveau système de classification infragénérique d’Athyrium est proposé qui le subdivise en dix sections, et une espèce du Nouveau Monde A. skinneri est transférée dans Anisocampium.