Az EHE citogenetikája adott néhány első támpontot a mögöttes genetikai elváltozásra. A kiegyensúlyozott, reciprok t(1;3)(p36.3;q25) transzlokációt az EHE tumorsejtjeiben először Mendlick és munkatársai írták le 2001-ben (Mendlick MR, Nelson M, Pickering D, Johansson SL, Seemayer TA, Neff JR, Vergara G, Rosenthal H, Bridge JA (2001). “A t(1;3)(p36.3;q25) transzlokáció nem véletlenszerű aberráció epithelioid hemangioendotheliomában”. Am. J. Surg. Pathol. 25 (5): 684-7. doi:10.1097/00000478-200105000-00019. PMID 11342784.CS1 maint: multiple names: authors list (link)). Ez vezetett a Tanas és munkatársai mérföldkőnek számító tanulmányához. 2011-ben (Tanas MR, Sboner A, Oliveira AM, Erickson-Johnson MR, Hespelt J, Hanwright PJ, Flanagan J, Luo Y, Fenwick K, Natrajan R, Mitsopoulos C, Zvelebil M, Hoch BL, Weiss SW, Debiec-Rychter M, Sciot R, West RB, Lazar AJ, Ashworth A, Reis-Filho JS, Lord CJ, Gerstein MB, Rubin MA, Rubin BP (2011). “Egy betegséget meghatározó génfúzió azonosítása epithelioid hemangioendotheliomában”. Sci Transl Med. 3 (98): 98ra82. doi:10.1126/scitranslmed.3002409. PMID 21885404. CS1 maint: multiple names: authors list (link)), amely leírja az EHE leggyakoribb formáihoz társuló transzlokációban részt vevő specifikus géneket. Ez az elváltozás két transzkripciós koaktivátort (transzkripciós regulátorokat) kódoló gén fúzióját eredményezi: TAZ (PDZ-kötő motívummal rendelkező transzkripciós koaktivátor), más néven WWTR1 (WW domain-tartalmú transzkripciós szabályozó fehérje 1) és CAMTA1 (kalmodulin-kötő transzkripciós aktivátor 1). A zárójelben lévő nevek az alkalmi (vagy akár tudományos) olvasók számára nem relevánsak, de azért szerepelnek, hogy segítsenek megkülönböztetni őket más génektől. Például egy másik, teljesen más funkciójú gén, a Tafazzin nem kapcsolódik az EHE-hez, de zavaró módon TAZ néven is említik. Mindenesetre az EHE-transzlokáció egy abnormális “fúziós gént” eredményez, amely egy abnormális mRNS-t fejez ki, ami a TAZ fúziós fehérjeváltozatának szintézisét eredményezi, amely mindig be van kapcsolva. A TAZ ezen formája mindig a sejtmagban tartózkodik, és ezért konstitutívan aktív. Megköti és bekapcsolja a TEAD transzkripciós faktorok családjának egy nagyon fontos tagját, és ez a sejtek szaporodását okozza. Ez a TAZ-TEAD transzkriptom termelése okozza, hogy az érintett endotélsejtek daganattá nőnek. Normális sejtekben a TAZ-t a Hippo-útvonal egyik fő negatív transzduktorának tekintik, amely jelátviteli rendszer a szervméretet szabályozza azáltal, hogy a sejtek növekedését leállítja, amikor egymáshoz érnek (kontaktgátlás). Számos upstream bemenet szabályozza a Hippo-jelet, amely általában úgy működik, hogy kikapcsolja vagy deaktiválja a TAZ-t azáltal, hogy a citoplazmában és a sejtmagon kívül tartja. Az EHE sejtekben az abnormális fúziós TAZ “immunis” erre a bemenetre, és egyszerűen a sejtmagban marad, és továbbra is serkenti a sejtnövekedést.
Megjegyezzük, hogy az EHE betegek mintegy 10%-a más transzlokációt hordoz. Ez hasonlóan a TAZ ortológjának, a YAP-nak (azaz a TAZ-hoz nagyon hasonló szekvenciájú és funkciójú génnek) a konstitutív aktiválódását eredményezi. Ez szintén az érintett sejtek tartós, szabályozatlan növekedését eredményezi, és ezért EHE-típusú daganatokat okoz.