A projektről
A BCM-HGSC szekvenálja a sooty mangabey (Cercocebus atys) genomját. Ez a projekt Dr. Guido Silvestrivel (Emory University) való együttműködésben valósul meg.
BCM-HGSC az Illumina szekvenáló platform segítségével elkészítette a kormos mangabey genomjának első, kiváló minőségű tervezetét. Ezenkívül a BCM-HGSC a Pacific Biosciences RS platformjának használatával körülbelül 7x teljes genom lefedettséget hozott létre, és ezeket a hosszú leolvasásokat a hiányosságok pótlására és a kezdeti összeállítás folytonosságának javítására fogják felhasználni.
A szotyó mangabey a humán immunhiányos vírus (HIV) és az AIDS kutatásának fontos állatmodellje. A kormos mangabeusok a majom immunhiány vírus (SIV) természetes gazdái, és a HIV-2 ebből a SIV-ből származik, valószínűleg a SIV fajok közötti átvitelének eredményeként. A mangabeusok nem mutatnak klinikai patológiát vagy egyéb káros hatásokat a bennszülött SIV-vel való fertőzésből, ezért a gazdatest-vírus kölcsönhatás tanulmányozása ebben az állatmodellben fontos azoknak a mechanizmusoknak a megértéséhez, amelyek révén a mangabeusok képesek a fertőzést kontrollálni és a betegséget elkerülni.
A BCM-HGSC az Emory Egyetem Yerkes Nemzeti Primate Kutatóközpontjából kapott kormos mangabeus DNS felhasználásával jó minőségű tervezetet készít ehhez a genomhoz. Ezenkívül a BCM-HGSC a fajon belüli genetikai variáció azonosítása érdekében a teljes genom szekvencia lefedettségét fogja előállítani több más, nem rokon kormos mangabey esetében is.
Az adatokhoz való hozzáférés
Minden szekvenciaolvasatot az NCBI szekvenciaolvasási archívumában helyezünk el.