Sul Progetto
Il BCM-HGSC sta sequenziando il genoma del mangabey fuligginoso (Cercocebus atys). Questo progetto è una collaborazione con il Dr. Guido Silvestri (Emory University).
Sooty mangabey
Fonte immagine: Yerkes NPRC
BCM-HGSC ha prodotto un primo assemblaggio di alta qualità del genoma del mangabey fuligginoso utilizzando la piattaforma di sequenziamento Illumina. Inoltre, BCM-HGSC ha generato circa 7 volte la copertura dell’intero genoma usando la piattaforma RS di Pacific Biosciences, e queste lunghe letture saranno usate per riempire le lacune e migliorare la continuità dell’assemblaggio iniziale.
I mangabey fuligginosi sono un importante modello animale per la ricerca relativa al virus dell’immunodeficienza umana (HIV) e all’AIDS. I mangabey fuligginosi sono gli ospiti naturali di un virus dell’immunodeficienza delle scimmie (SIV), e l’HIV-2 è derivato da quel SIV, probabilmente come risultato di un trasferimento interspecie del SIV. I mangabey non mostrano patologia clinica o altri effetti avversi dall’infezione con il loro SIV nativo, e quindi lo studio dell’interazione ospite-virus in questo modello animale è importante per la comprensione dei meccanismi con cui i mangabey sono in grado di controllare l’infezione ed evitare la malattia.
Il BCM-HGSC sta generando una bozza di alta qualità per questo genoma utilizzando il DNA di un mangabey fuligginoso ottenuto dal Yerkes National Primate Research Center della Emory University. Inoltre, il BCM-HGSC produrrà la copertura dell’intera sequenza del genoma per diversi altri mangabey fuligginosi non correlati, al fine di identificare la variazione genetica all’interno della specie.
Accesso ai dati
Tutte le letture di sequenza sono depositate nell’archivio delle letture di sequenza NCBI.